协会目前拥有会员单位495家,腾讯内蒙古、新浪内蒙古、抖音内蒙古在内的常务理事单位7家,包括内蒙古公安厅、检察院、高级人民法院、 司法厅、教育厅、消防救援总队、市场监督管理局、内蒙古日报社、广播电视台、实践杂志社、呼和浩特市委网信办在内的15家名誉理事单位。
内蒙古新媒体协会下设内蒙古新媒体研究中心、内蒙古微圈、内蒙古腾讯企鹅新媒体学院等机构。
内蒙古微圈是由内蒙古党委网信办批准成立的自媒体管理机构,负责内蒙古属地自媒体、网红达人的管理和孵化。
内蒙古新媒体研究中心是内蒙古党委宣传部、网信办联合内蒙古师范大学成立的新媒体研究机构,致力于研究内蒙古新媒体数据、排名指数和生态构建。